Temporada 9

Mientras limpia los restos de la Academia Ninja, Iruka encuentra una memoria de los primeros años de Naruto en la academia. Iruka, entonces todavía un instructor novato, tuvo dificultades para lidiar con Naruto y sus bromas.

Debido al trauma infantil de haber perdido a sus padres a causa del Nueve Colas, a Iruka le resulta difícil interactuar con Naruto como alumno. Tras perder la confianza, Iruka le pide al Tercer Hokage que lo releve como tutor de Naruto.

Naruto acepta el desafío de sus compañeros de clase de aventurarse en el bosque y recuperar un objeto de un ninja enemigo caído. Cuando Iruka va a por él, Naruto se niega a regresar y ambos son atacados por un ninja enemigo.

Se celebra un consejo de emergencia para discutir los planes de reconstrucción de la Villa de la Hoja, arrasada después de la batalla con Pain. Danzo insta a los miembros del consejo a seleccionar un nuevo Hokage que reemplace a Tsunade.

Mientras ayudan con la reconstrucción, Naruto y Sakura se reencuentran con dos viejos amigos: el carpintero Tazuna y su nieto Inari del País las Olas. La alegre reunión trae recuerdos del pasado a la memoria de Naruto.

Tras completar una misión de rango D para traer de vuelta a un avestruz fugitivo, el Equipo Siete se detiene en un pueblo para descansar un poco. Allí encuentran a un hombre llamado Tsukado que quiere vengar la muerte de un pariente.

La noticia de la destrucción de la Villa de la Hoja llega a la Villa de la Arena y Kankuro y Temari se preocupan, pero Gaara, recordando una misión que llevó a cabo con el Equipo Siete, señala que la Villa de la Hoja cuenta con Naruto.

Sakura recuerda cómo tres años antes cayó víctima de una enfermedad causada por un virus misterioso. Naruto, la última persona con la que Sakura había tenido contacto, había visitado la aldea en la que se decía haberse originado la plaga.

Tenten y Neji se dirigen al Centro de Investigación de Equipo Ninja de la Hoja en busca de herramientas para la reconstrucción. Los dos recuerdan su última visita, donde conocieron a un distraído investigador ninja, Iou, y a su asistente, Shoseki.

Cóndor, el avestruz capturado por el Equipo Siete, ahora vive en un bosque con sus avestruces bebés. Cóndor se ha entrenado para convertirse en un avestruz ninja y cuenta a sus avestruces bebés la historia de sus batallas con Naruto.

Rock Lee sigue hospitalizado a causa de las heridas sufridas en el examen de chunin. Después de acabarse accidentalmente la última medicina de la juventud de Lee, Naruto está decidido a encontrar el ingrediente raro de la flor jofuku.

Con el fin de aprender a defenderse de los Akatsuki, Naruto emprende un viaje de entrenamiento con Jiraiya. Jiraiya lleva a Naruto hasta una aldea con la esperanza de enseñarle cómo contrarrestar el ataque genjutsu del Sharingan.

Naruto y Jiraiya intentan salvar una aldea de Kandachi, el antiguo brazo derecho de Hanzo de la Villa Oculta de la Lluvia. Pero su plan se ve frustrado por Tanishi, quien revela sus identidades por temor a la ira del ninja de la Lluvia.

La vieja gata solicita que Sasuke y el Equipo Siete consigan el último sello necesario para completar la enciclopedia de patas gatunas. Su objetivo es un pez gordo llamado Nekomata que gobierna a los gatos ninja tras bambalinas.

Naruto es asignado al equipo de Hayama para patrullar la frontera norte de la Villa de la Hoja. Uno de sus compañeros es Kosuke, un anciano que ha sido Genin durante más de 50 años, lo que le ha valido el título de «el Genin eterno».

Una hermosa espía kunoichi llamada Hanare es capturada por infiltrarse en la Villa Oculta de la Hoja para recopilar información. Cuando Inoichi escanea la mente de Hanare, se sorprende al encontrar la imagen de un joven Kakashi.

Justo después de los exámenes Chunin, Neji, junto con Tenten, Kiba y Akamaru, emprende una misión de rango A para recuperar el Byakugan y rescatar a Hinata, que ha sido secuestrada por dos ninjas de la Villa Oculta de las Nubes.

En su camino de regreso a casa, Naruto se encuentra con una roca pegada con un peculiar sello, que arranca sin pensar. Esa misma noche, Naruto se sorprende al encontrar al lado de su cama un fantasma que parece sufrir amnesia.

El Equipo 7 persigue a un grupo de ladrones que ha robado la valiosa estatua de oro de la hermana del Daimyo. Ansiosos por llevarse el mérito, Naruto y Sasuke actúan por su cuenta, fracasan y Sakura acaba siendo tomada como rehén.

El Equipo 7 y el Equipo 10 son asignados para ayudar a una aldea que tiene problemas con unos bandidos. Mientras el resto de Genin esperan, Kakashi y Asuma buscan una ruta segura para asaltar el escondite de los bandidos.

Los incipientes celos de Sasuke por el tremendo aumento de la fuerza de Naruto provocan fricciones entre ambos. Antes de que la situación vaya a más, Tsunade decide separarles durante algún tiempo asignándoles misiones separadas.