Temporada 2

De vuelta a la Villa Oculta de la Hoja, Kakashi es hospitalizado por la tensión provocada por su nuevo Sharingan. A pesar de su ausencia, el Equipo Kakashi se reunirá en cuatro días con el contacto de Orochimaru como estaba previsto.

Tsunade se reúne con los ancianos, quienes creen que no debe mandar a Naruto a misiones que impliquen a los Akatsuki. Al negar esa petición, los ancianos le exigen que incluya a un ninja recomendado por Danzo en el Equipo Kakashi.

Naruto se enfurece cuando descubre que Sai lo atacó para probar su fuerza. Sakura consigue separarles, pero las tensiones van en aumento entre los miembros del Equipo Kakashi mientras se acerca el momento de la partida.

Cuando Sai muestra su desprecio por Sasuke, el antagonismo entre él y Naruto llega a un punto crítico. Yamato decide que pasarán la noche en una posada de aguas termales para tratar de limar asperezas entre los miembros de su equipo.

Sakura se encuentra con Sai trabajando en una pintura abstracta a la que asegura que no puede ponerle un título. Preocupada por su actitud, Sakura rebusca entre las cosas de Sai y encuentra un inusual libro ilustrado.

En preparación para el Puente Cielo y Tierra, Yamato realiza una misión simulada en la que Sai abandona a Naruto. Naruto se enfurece, pero asegura que está dispuesto a formar equipo con Sai si eso ayuda a salvar a Sasuke.

Por fin ha llegado el día de capturar al espía, que resulta ser nada más y nada menos que Kabuto. Naruto y los otros no pueden ocultar su asombro, pero de repente aparece el mismísimo Orochimaru y la situación se vuelve crítica.

Enfrentado a Orochimaru, Naruto desata todo el poder del Zorro de Nueve Colas. Cuando Yamato ve aparecer la cuarta cola de Naruto, recuerda la historia de cómo Jiraiya estuvo a punto de perder la vida ante el transformado Naruto.

Cuando aparece su tercera cola, lo único que Naruto puede ver es a Orochimaru, poniendo en peligro las vidas de sus compañeros. Mientras Yamato salva a Sakura, Sai pone en marcha la misión ultrasecreta encomendada por Danzo.

Con la liberación de su cuarta cola, Naruto se ve poseído por sus impulsos destructivos.

Aunque ha cambiado casi por completo a su forma animal, Naruto se niega a renunciar a la idea de llevar de vuelta a casa a Sasuke. Conmovida por el estado de Naruto, Sakura se libera de las ataduras de Yamato y corre hacia él.

Después de revisar los documentos que le dieron, Orochimaru decide llevar a Sai de regreso a su escondite. Cuando Naruto vuelve en sí, Yamato les dice a él y a Sakura que Sai se ha ido y que es posible que esté tramando algo terrible.

Naruto y Sakura descubren que el objetivo de Danzo es trabajar con Orochimaru para destruir la Villa de la Hoja. Cuando Yamato asegura que nunca volverán a tener otra oportunidad como esta contra Orochimaru, comienzan la persecución.

Naruto se sorprende al saber que él fue el responsable de la destrucción a su alrededor y de las heridas de Sakura. Mientras tanto, Sakura se hace preguntas acerca de una extraña historia que descubre en el libro ilustrado de Sai.

Sai se estremece cuando finalmente se encuentra cara a cara con Sasuke en el escondite de Orochimaru. Sai decide permanecer con Orochimaru a cambio de información valiosa, pero lo hace en una habitación bajo arresto domiciliario.

Con la guía de Yamato, el Equipo Kakashi encuentra a Sai e inmediatamente comienza a interrogarlo acerca de los planes de Danzo para destruir la Villa Oculta de la Hoja. Para sorpresa de todos, Sai comienza a explicárselo todo.

Kabuto lleva a cabo un ataque sorpresa contra el Equipo Kakashi, pero algo ha cambiado en Sai desde que Sakura le señaló sus contradicciones. Con la información que obtienen de Kabuto, la búsqueda de Sasuke llega a su fin.

Al ver cómo Naruto busca desesperadamente a Sasuke, Sai recuerda lo que una vez sintió por su hermano mayor y finalmente logra completar su cuadro inacabado. Por primera vez, se puede ver una sonrisa sincera en su rostro.

El Equipo Kakashi se sorprende al descubrir que la verdadera misión de Sai es matar a Sasuke. Sai y Sasuke se enfrentan demoliendo parte del escondite y Naruto y los otros siguen su chakra hasta reunirse finalmente con Sasuke.

Tras tres largos años, los sentimientos de Sasuke no han cambiado, su objetivo es vengarse de su hermano Itachi. Tras declarar que ha cortado todos los lazos con los ninjas de la Villa de la Hoja, comienza atacar a Naruto y a los otros.

El deseo de venganza de Sasuke se mantiene firme, sin importar lo mucho que Naruto intente disuadirlo. Yamato intenta llevarse a Sasuke por la fuerza, pero la interferencia de Orochimaru hace que todo llegue a su fin rápidamente.