Temporada 3

Naruto tiene una extraña pesadilla varios días después de no poder traer de vuelta a casa a Sasuke. Al día siguiente, Sakura va a la biblioteca y se encuentra con Sai, que está absorto en un libro sobre las relaciones humanas.

Naruto comienza a entrenar con Kakashi. Para que Naruto desarrolle su propio Rasengan especial, Kakashi introduce un método de entrenamiento especial que comprimirá enormes cantidades de tiempo y esfuerzo en un período corto.

Al enterarse de que su chakra es de naturaleza tipo viento, que es excepcional para la lucha, Naruto se esfuerza más en su entrenamiento. Mientras, Tsunade decide acortar su entrenamiento y ordenar al Equipo Kakashi una nueva misión.

El Equipo Kakashi recibe la orden de poner fin al vandalismo que sufren las tumbas del Templo del Fuego. Yamato sospecha que el objetivo son los cadáveres de los ninjas enterrados en las cuatro tumbas ocultas cerca de allí.

En el País del Fuego, Chiriku le explica al Equipo Kakashi que las tumbas ocultas albergan a los guardines del señor feudal. Mientras tanto, Naruto observa el entrenamiento de los monjes y percibe una tensión entre Sora y los otros.

Cuando profanan la última tumba oculta, Naruto y los otros van tras los ataúdes robados, pero resulta ser una trampa y son emboscados. En la Villa de la Hoja, Tsunade reflexiona acerca de las acciones de Danzo, los Akatsuki y Orochimaru.

El Equipo Kakashi se separa por el jutsu de cambio de orografía de tierra del enemigo. Naruto y los otros ven obligados a luchar contra los asesinos que les atacan, pero estos cuentan con ventaja ya que conocen la disposición del terreno.

Sora se enfrenta a Furido, la figura misteriosa que ha aparecido en las tumbas ocultas, quien resulta ser un viejo amigo de su padre. Mientras, Naruto se encuentra en serios aprietos contra la kunoichi Fouka, que posee un jutsu inusual.

Yamato decide nombrar a Sora miembro del Equipo Kakashi como suplente temporal del herido Sai. Esto no le sienta nada bien a Naruto, ya que Sora causa un problema tras otro y es una fuente constante de irritación para todo el mundo.

Naruto y Sora consiguen por casualidad que Asuma les entrene. Las palabras de Asuma calman a Sora, quien comienza a adaptarse a la Villa de la Hoja, hasta que Furido aparece y deja caer la bomba de que Asuma mató al padre de Sora.

De acuerdo con un espía infiltrado en la Villa Oculta de la Lluvia, el verdadero objetivo de los asaltantes de las tumbas ocultas era Sora. Danzo declara que Sora representa un peligro para la Villa de la Hoja y pide que sea eliminado.

Furido lanza su asalto a la Villa Oculta de la Hoja bajo el amparo de un gran apagón y atrapa a todos dentro de una barrera. Naruto y Asuma alcanzan a Sora, quien explota de ira cuando Naruto le exige saber por qué atacó a Tsunade.

Asuma se precipita hacia el sistema generador de electricidad para detener el desastre inminente. Pero allí encuentra a los Doce Shinobis Guardianes que han revivido gracias al jutsu de resurrección después de que profanaran sus tumbas.

Furido no solo tiene la intención de asesinar a la Hokage, sino que planea destruir la Villa de la Hoja. Mientras Naruto, Sakura y Yamato luchan contra Fouka, Fen y Fudo, Asuma se enfrenta a Kitane, su antiguo camarada revivido.

Con el tiempo agotándose para la Villa Oculta de la Hoja, Naruto se siente abrumado por el misterioso jutsu de Fouka. ¿Será capaz de ganar con su chakra de viento? ¿Y qué cambio se está produciendo en Sora, capturado por Furido?

Furido revela que los restos del Zorro de Nueve Colas que no se pudieron sellar dentro de Naruto se colocaron en el interior de Sora. Mientras Sora desespera, Naruto estalla de ira al imaginar el sufrimiento de alguien que comparte su destino.

Naruto reúne todas sus fuerzas para contener a Sora, pero entonces se produce el peor escenario: el Zorro de Nueve Colas dentro de Naruto y Sora comienza a manifestarse. ¿Podrá Naruto reprimir sus impulsos salvajes y salvar a Sora?

Naruto intenta desesperadamente suprimir el Zorro de Nueve Colas y llegar hasta el corazón y el alma de Sora. Mientras tanto, Furido intenta abandonar el frente de batalla, pero Asuma se interpone en su camino y la lucha llega a su fin.