Temporada 2

Después de una seción de magia en la escuela secundaria, los chicos van a tomar unos helados y al ver que ya es tarde, suben a la máquina del misterio, pero son asustados por el espectro de Hyde (un ladrón de joyas), que estaba escondido en la parte trasera de la furgoneta. La pandilla lo sigue en los pantanos y luego dentro de una casa, cuando de pronto caen en el laboratorio del doctor Jekyll, (un científico) que les cuenta que tal vez él mismo sea el espectro, ya que al igual que su tatarabuelo, podría estar transformándose en el temible señor Hyde, debido a una fórmula vitamínica que tomó. No creyendo esta historia, los chicos buscan en la casa, y pronto encuentran evidencias que aparentemente apuntan a que la culpable de todo es Helga, el ama de llaves del doctor.

Cuando los chicos van al barrio chino a ver el magnífico desfile, Daphne compra una misteriosa máscara, sin saber que esta le perteneció al antiguo dios chino de la guerra, Zen-Túo, y ahora su fantasma ha enviado a sus emisarios (zombis encapuchados), para recuperarla y llevarla de vuelta al templo. Después de una persecución, los zombis capturan a Daphne y a la máscara, así que Fred, Vilma, Shaggy y Scooby van al templo a buscarla. ¿serán capaces de salvar a Daphne y encontrar alguna pista?

Shaggy y Scooby van a pescar y enganchan a un cavernícola congelado de hace dos millones años que se perdió en el mar durante una tormenta violenta. La pandilla se lo lleva a Oceanland, pero cuando alguien se derrite el cavernícola del hielo y los científicos están actuando de manera extraña, la banda decide quedarse e investigar.

Camino al baile de la escuela que se realizará en un viejo granero, los chicos encuentran a un guardia bancario tirado en el camino, que les entrega un papel en blanco y les dice: "la llama les dirá quién es el rastreador". Al llevarlo con el presidente del banco, el señor Carlswell, este les dice que el banco había estado siendo robado por un fantasma conocido como el Rastreador. Los chicos se van a divertir al baile, pero este es interrumpido por la aparición del fantasma. Mientras los chicos buscan pistas en los bosques y el campo, Scooby encuentra un pollito que lo confunde con su mamá y la pandilla visita la cueva de un ermitaño para buscar pistas.

Los chicos van camino aun concierto en camino la Máquina del Misterio se recalienta en frente de una vieja mansión espeluznante, y la banda va a buscar ayuda, pero solo encuentran el horror en un fantasma sin cabeza. Pero, ¿qué son los sonidos que golpean misteriosas que oyen?, y ¿son las pistas por toda la casa lo que lleva a un tesoro escondido?

Shaggy y Scooby paquete de vacaciones de Hawái es interrumpido por un médico brujo, quien advierte a los turistas y nativos que se encuentran en los terrenos sagrados del dios isla Mano Tiki Tia. La banda busca a Sr. Simms, su guía, en una antigua aldea de una tribu perdida y descubrir un montón de perlas y un misterio.

La pandilla va a acampar y escucha los sonidos de un lobo que rastrean a un antiguo cementerio y la tumba abierta de Silas Long, que era sospechoso de ser un hombre lobo. Ellos siguen sus huellas a un viejo, serrería abandonada llena de lana y barriles vacíos y el hombre lobo espeluznante.

Al participar en el Johnny Sands Dance Game Show, los adolescentes se encuentran con el fantasma de la cera que se roba una caja fuerte llena de dinero y secuestra a la gerente de la estación. Es el fantasma de un engaño o es la maldición de un empleado de edad en busca de venganza por la cancelación de su programa.