Temporada 1

Joe Higan recibe la visita de los agentes del FBI Mike y Emma, que le ayudarán a investigar el asesinato de su mujer e hijo.

Higan averigua que todas las víctimas recientes de asesinato eran ninjas que fueron descubiertos y jura venganza por su mujer e hijo.

Yamaji aborda cuestiones relativas a la supervivencia de Higan. Mientras, Mike une fuerzas con Higan y Emma para lanzar su propia investigación.

El misterioso benefactor le advierte a Higan que es imposible que se infiltre en la ciudad de AUZA sin ayuda.

Al continuar su investigación sobre los ninjas, Mike usa información de Emma para rastrear a Jason.

Aska rescata a Higan de una muerte segura y cura sus heridas.

Higan logra sincronizar por completo su Equipo Gusoku, conocido como "Kamui", y usa su poder para vencer a Lil.

El CEO de AUZA sueña con tomar el control total de la infraestructura energética del país usando la organización ninja de Yamaji. Emma hace su objetivo personal para detenerlos con la ayuda de Higan. Mientras tanto, Jason y Mike siguen huyendo.

Emma y Jason combinan sus esfuerzos para lanzar un ataque de piratería contra AUZA, lo que resulta en que obtienen información secreta. Mientras tanto, Mike y Higan dejan a un escuadrón de mercenarios enviados por AUZA para detenerlos.

Higan llora la muerte de Emma cuando una carta que le reta a un duelo llega de Zai. Mike y Jason quieren filtrar los datos que hackearon de AUZA al público pero descubren que no pueden debido a que la unidad de memoria externa de Emma está encriptada.

Higan gana su duelo contra Zai pero no lo mata. Joseph envía a sus mercenarios para atacar al escondite de ninja después de cortar sus lazos con Yamaji. Mientras tanto, Mike averigua la clave para descifrar los datos que Emma dejó atrás.

Dilly se adhiere a sus órdenes originales y protege a José eligiendo luchar contra Yamaji. Higan tiene un visitante sorpresa que le ruega que ponga fin a las contradicciones del clan ninja. Mientras tanto, Mike ha sido capturado en las oficinas del FBI.

Higan y Yamaji participan en una batalla final. Mientras tanto, Mike intenta localizar a José mientras intenta huir del país.