Temporada 2

Mientras que la Providencia se está reconstruyendo desde el ataque, Rex y Bobo viven con Noah, mientras que Seis es un "ninja vagabundo" en su jet salto. Rex recibe una llamada que la Providencia está tratando de transportar a un núcleo de poder, cuando un EVO va en el suelto, y convenientemente, se encuentra cerca del núcleo de poder.

Después de que un E.V.O. ataca ha un barco de investigación, Rex y Seis tiene una misión para recuperar el núcleo del reactor en barras de la nave. Si no es rescatado, las barras destruirían las zonas circundantes.

Aunque la lucha contra un EVO, Rex y Bobo oír hablar de un partido en el medio de un desierto. Más tarde, White Knight les asigna una misión en un evento bajo tierra en el desierto de Sonora, con el entretenimiento proporcionados por EVOS.

Van Kleiss trata de reclutar al vengativo EVO, NoFace en el Bug Jar con la Banda y Circe. Rex tiene una pequeña confrontación con Circe sobre que debe abandonar a la Manada y tomar su decisión.

Después de detener a otro EVO Conejo, Rex empieza a sospechar que algo anda mal con Bobo cuando comienza a actuar agradable e incluso ayudar un poco en la Providencia. Sin embargo, cuando Rex trata de convencer a Seis y Holiday, le dicen que no debe preocuparse por ello.

En su camino a casa de la diversión y con una hamburguesa, Rex es emboscado por cuatro personas para reunirlo en una isla, que son las personas más peligrosas del mundo.

Mientras combatía a una estrella de mar como el EVO, Rex empieza a tener momentos de trance durante la lucha, con la construcción de máquinas extrañas de su cuerpo cada vez. Aparece el hermano de Rex, Cesar. Explicando su pasado, revela que sus padres murieron en la explosión durante el Eventos Nanite y había estado en una pequeña nave sin saber donde estaba durante cinco años después de su encuentro, viaja a Abysus donde ve por primera vez a los EVOS cuando Van Kleiss se entera que ha regresado su "viejo amigo".

White Knight asume que la organización Puño Verde están vendiendo EVOS para Van Kleiss. Rex y Bobo acuden a América del Sur donde conoce a una mujer llamado Valentina que es la líder de Puño Verde trata de salvar a un supuesto EVO, que en realidad es un Chupacabras.

Rex organiza una cita doble con Noah para ver una película de terror con Annie y Claire. Los cuatro visitan a una mansión embrujada y abandonada que todo fue diseñado por Cesar para hacerlas asustar a las chicas, pero algo raro sucede con un fantasma EVO real.

Rex se entera de que dos exagentes de Providencia, Rombauer y Lansky están cazando EVOs pequeños en Coney Island.

Noah convence a Rex para inscribirse en su escuela secundaria para competir en un torneo de Ping Pong para hacerle ganar contra los gemelos Michael-Gabriel y su padre el entrenador de la escuela rival.

Rex y Van Kleiss deben unirse para detener a ZAG-RS en un desierto de arena. Durante la pequeña discusión que hace advertir a Rex que no debe confiar en Cesar, su objetivo es derrotar al robot Zag-RS que está oculto entre la arena. Se revela que ZAG-RS es el invento de Cesar poniendo la voz de su madre fallecida a ZAG-RS, Violeta.

Rex y César viajan a un local del pueblo de México para visitar a su abuela adoptiva, pero ella está ocultando algo. Hunter Cain regresa para poder preparar el gran asalto en el pueblo dando cara contra Abuela.

Breach va a Hong Kong como su objetivo principal tiene una importante misión para liberar a Quarry (La Roca) con otro trabajo de secuestrar a Circe por haber traicionado a la Manada para tener una pequeña charla con Van Kleiss pero en realidad la envió a la pequeña dimensión de bolsillo como un "juguete".

El Dr. Brandon Moses desarrolla una cura para EVOs incurables y la Dra. Holiday se interesa por completo con el objetivo de curar a su hermana Beverly, pero las cosas no salen nada bien. Seis, Rex, y el Caballero Blanco sospechan algo que puede ser un posible fraude.

Una periodista Diane Farrah de la Ultimate Exposure se le da un pase libre de todo a Providencia.

Si bien casi todo el personal de Providencia se han ido para poder trasladar el equipo de laboratorio de Gabriel Rylander, Noah convence a Rex para hacer una fiesta.

Cesar hace un esfuerzo para restaurar los recuerdos de Rex pero accidentalmente Seis destroza la máquina provocando su perdida de memoria por 6 años. Ahora, habiendo vuelto a su anterior, Rex tiene que ayudar a encontrar el camino a Seis de vuelta de mercenarios sin corazón al mentor que ha llegado a conocer.

(Parte 1): Breach obtiene una nueva habilidad de crear portales del tiempo equipando una tecnología diseñado por Van Kleiss pero sin embargo Rex trata de traer a Breach a su lado bueno, durante una pequeña batalla Breach crea un portal muy grande y traiciona a la Mnada enviando a Van Kleiss a un destino y tiempo desconocido. Rex se cruza en el portal abrazando a Breach y desaparece, acaba parando en un desierto. Al regresar a Providencia se da cuenta de que se había ausentado seis meses y Cesar le lleva a Rex al despacho donde conoce a una mujer misteriosa llamado Black Knight (Caballero Negro) que es la nueva líder de Providencia pero los paraderos de agente Seis, la Dra. Holiday, Caballero Blanco y Bobo Haha son actualmente desconocidos dejando con un cliffhanger.