Temporada 2

Un año después de la Rebelión Negra, Lelouch vive tranquilo con su hermano Rolo. Un ataque de los Caballeros Negros hace que C.C. lo encuentre y recupere sus recuerdos.

Lelouch recuerda los falsos recuerdos implantados en él y se convierte nuevamente en Zero. Planea un ataque para asesinar al Gobernador General Carares y pide asilo en la embajada china.

Lelouch intercambia lugares con C.C. para evitar vigilancia. Descubre que su hermano Rolo tiene un geass y le pide un día de plazo.

Zero libera a los miembros de los Caballeros Negros y manipula a Rolo para que se alinee con él.

Suzaku regresa a la academia para confirmar si Lelouch es Zero. Durante un festival, Suzaku prueba a Lelouch con una llamada de Nunally.

Rolo congela a Suzaku mientras Lelouch, fingiendo que Nunally no existe, planea atacar la nave de la Gobernadora General y secuestrarla.

Lelouch duda si continuar siendo Zero. Con el apoyo de Kallen y Rolo, decide seguir adelante.

Zero acepta el exilio y negocia con Britannia para ser exiliado solo. Un millón de personas se viste de Zero para engañar a las tropas imperiales.

Los Caballeros Negros son exiliados a la Federación China. Zero descubre un matrimonio arreglado que complica su situación.

Lelouch secuestra a la emperatriz durante un golpe de estado en China. Enfrenta a Xingke y su Knightmare Shen Hu, y planea una fuga a Tiandi Bashiba Ling.

Zero expone la traición de los Jefes Enuncos y salva a la emperatriz y al Shen Hu. Se inician revueltas en la Federación China y Zero descubre que Kallen fue entregada a Suzaku.

Lelouch regresa a la escuela y se enfrenta a una serie de citas y confusiones provocadas por Sayoko. Finalmente, es descubierto por Shirley y el geass de Jeremiah le devuelve sus recuerdos.

Jeremiah Gottwald, con un cancelador de geass, intenta matar a Lelouch. Tras descubrir que Shirley ha sido asesinada por Rolo, Jeremiah se une a Lelouch.

Lelouch y su equipo destruyen al culto de V.V. y al Siegfried. V.V. es confrontado y el mundo de C es revelado.

Lelouch descubre el pasado de C.C. y el origen de su geass en una ilusión. C.C. revela que era una esclava y perdió su geass tras un contrato.

Lelouch propone formar la Federación de Naciones Unidas para iniciar una guerra por la liberación, con Japón como primer país.

Lelouch intenta asegurar la seguridad de Nunally durante un ataque a Tokio, pero Schneizel intercepta la comunicación y captura a su hermano menor.

Lelouch, creyendo que Suzaku lo ha traicionado, intenta apoderarse de Nunally. Suzaku libera el FREIA, destruyendo la oficina de gobierno.

Schneizel revela la identidad de Zero y su relación con el geass. Lelouch, considerado traidor, se enfrenta a sus antiguos camaradas mientras Rolo intenta salvarlo.

Lelouch busca poner fin a los planes del Emperador mientras Suzaku se promueve como Knight of One. Schneizel organiza un golpe de estado.

Lelouch, C.C. y Suzaku rechazan los planes del Emperador y borran su existencia usando el Geass, sorprendiendo al mundo con la llegada de Lelouch como el 99° Emperador.

Lelouch une a Britannia con la Federación de Naciones Unidas en la Academia Ashford. Schneizel destruye la capital de Pendragon y revela la supervivencia de Nunally.

Nunally se muestra a Lelouch y Suzaku. Schneizel planea usar los misiles FREYA para atacar el mundo. Lelouch activa el sakuradite del monte Fuji para enfrentar a Schneizel.

Lelouch y Suzaku utilizan el neutralizador de FREYA para atacar la fortaleza Damocles. Schneizel abandona la fortaleza y Lelouch derrota a Schneizel.

Se revela el plan de Lelouch para devolver la paz al mundo, concluyendo su historia.